All’interno della chiesa di S. Francesco si conservano alcune delle reliquie più importanti della città: il frammento della Croce Santa che frate Elia portò con sé in seguito all’ambasceria a Costantinopoli per conto dell’imperatore Federico II, e tre reliquie di san Francesco sulla cui autenticità storica si sono svolti nuovi studi: la tonaca del transito, il cuscino mortuario donato dalla nobildonna Iacopa de Settesoli e un Evangelistario, il «Libro dei Vangeli» da leggersi durante la messa, più volte citato nelle Fonti Francescane.
La reliquia della Croce Santa
Sull’altare maggiore in marmo, opera di Bernardino Radi, si trova un tabernacolo, in forma di tempietto, realizzato dall’orafo Cesarino del Roscetto, con la collaborazione del cortonese Girolamo Palei, su commissione del Comune di Cortona (1518), all’interno del quale si conserva una tavola d’avorio scolpita risalente al X secolo (detta stauroteca), sulla quale è incastonato un frammento della Croce Santa. Secondo la tradizione la reliquia sarebbe stata donata a frate Elia dall’imperatore greco di Nicea Giovanni III Vatatze tra il 1243 e il 1244 come segno di gratitudine per avere negoziato le clausole di matrimonio fra lo stesso Giovanni III e la figlia di Federico II, Costanza. Il tempietto è stato restaurato nel 2007 grazie all’impegno del Comune di Cortona, della già Soprintendenza BAPPSAE di Arezzo e con il contributo del Rotary Club Cortona Valdichiana.
Le reliquie di san Francesco
Nella chiesa si conservano tre reliquie di san Francesco che sono state oggetto di studi recenti. La prima è una tonaca, che, a stare al racconto di san Bonaventura, frate Elia avrebbe dato «in prestito» a Francesco perché non morisse senza l’abito religioso scelto come espressione di povertà. La seconda è un cuscino, custodito all’interno di una fodera ricca ed elegante, sul quale Francesco morente poggiò il capo; secondo la tradizione il cuscino fu confezionato dalla nobildonna romana Iacopa de Settesoli e poi donato a frate Elia. Lo attesta la scritta tessuta sul cuscino stesso: «Confessor Domini Franciscus ad ethera migrans, hoc capitale suum tenui subter caput almum. Valete in Domino et orate pro me». La terza reliquia cortonese è un codice manoscritto, nello specifico un «Evangelistario», che Francesco e i suoi compagni hanno utilizzato per recitare l’Ufficio divino quando erano in viaggio; il libro proviene, forse, dall’eremo delle Celle di Cortona.